譲渡所得の3,000万円控除と住宅ローン控除は一緒に使える？空き家の確認点

公開：2026年11月14日｜更新：2026年11月15日｜筆者：株式会社LINKBANK 編集部

3,000万円控除と住宅ローン控除は、住み替えで両方を受けると制限がかかることがあります。居住用と相続した空き家の特例の違い、確かめる日付と相談窓口をまとめました。

譲渡所得の3,000万円控除と住宅ローン控除は、住み替えで両方を使おうとすると制限がかかることがあります。

国税庁（熊本国税局）の令和5年分用チェックシートには、ある年に居住用の3,000万円控除を受けると、続く年の住宅ローン控除が適用できないという注意書きがあります。

相続した空き家の特例が同じ扱いかは、条文と国税庁の案内で確かめる点です。この記事は一般的な仕組みの説明で、あなたの場合の可否は判断しません。

3,000万円控除と住宅ローン控除は一緒に使える？

居住用の3,000万円控除（租税特別措置法第35条第1項）を使った年によっては、その後の年の住宅ローン控除が適用できないことがあります。

令和5年分用のチェックシートに、その注意書きがあります。当てはまるかどうかは売る時期や入居の時期で変わるため、最後は税務署や税理士に確かめてください。

同じ家を売るだけで、新居を取得しないなら制限はある？

住宅ローン控除は、住宅の新築や取得などをして居住の用に供した場合の制度です（租税特別措置法第41条第1項）。

新居を取得しない売却が、この制度とどう関わるかは、売却の事情を伝えて税務署に確かめてください。

なお、3,000万円控除そのものにも、前年や前々年に使った特例による制限があります（第35条第2項）。

制限がかかる期間は、どう数える？

制限は「年分」で見ます。

チェックシート（令和5年分用）では、令和5年分で3,000万円控除を受けた場合に、令和6年・7年分の住宅ローン控除が適用できないとされています。

この記載は令和5年分用なので、これから売る場合の年の数え方は、国税庁の最新のタックスアンサーで確かめてください。

専門家に相談するときは、次の日付を紙に並べておくと話が早く進みます。

• 旧宅の売買契約日と引渡し日
• 旧宅に住まなくなった日
• 新居を取得した日と住み始めた日
• 住宅ローン控除を受けた（受ける）年分
• 前年や前々年に使った、居住用財産の特例の有無

相続した空き家の3,000万円控除でも、住宅ローン控除に影響する？

相続した空き家の特例は租税特別措置法第35条第3項、居住用財産の特例は同条第1項と、条文の項が分かれています。

第3項は「第1項に規定する居住用財産を譲渡した場合に該当するものとみなして、同項の規定を適用する」という書き方です。

住宅ローン控除の制限が第3項の譲渡にも及ぶかは、本稿では断定しません。チェックシートの注意書きは「措法35条①」とだけ書かれていて、第3項には触れていません。

空き家の特例を使う家屋には、次の要件があります（国税庁タックスアンサーNo.3306）。

• 昭和56年5月31日以前に建築された家屋であること
• 区分所有建物登記がされている建物でないこと
• 相続開始の直前に、被相続人以外の居住者がいなかったこと

次の手順で、住宅ローン控除への影響を確かめてください。

1. 空き家を売る予定の年と、相続が始まった日をメモする。
2. 国税庁の住宅ローン控除の案内で、控除に影響する譲渡の特例として、第35条第3項が挙がっているかを見る。
3. 租税特別措置法第41条（e-Gov法令検索）で、「第35条第1項」だけを指す書き方か、第3項も含む書き方かを読む。条文が長いので、読み方は税務署に聞いてもよい。
4. 新居を取得する予定があれば、取得日と入居予定日を日付の表に加える。
5. 空き家の要件と、市区町村の「被相続人居住用家屋等確認書」について、市区町村に確かめる。
6. メモと日付の表を持って、税務署か税理士に相談する。

先に住宅ローン控除を受けてから旧宅を売ると、どうなる？

チェックシート（令和5年分用）は、令和2年分から令和4年分の申告で、売る家以外のマイホームの住宅ローン控除を受けている場合、最寄りの税務署に確認してから進むよう案内しています。

修正申告が必要になるか、一度使った特例を取り消せるかは、本稿で確認できた出典には書かれていません。売る前に国税庁の案内を読み、税務署で確かめてください。

個別の追徴額や還付額は、この記事では扱いません。

どちらが有利か、確かめるには何を比べる？

有利かどうかは各人の事情で変わるため、本稿では金額の例を出しません。次の点を、税務署や税理士に持ち込む確認項目として整理しておくと便利です。

• 譲渡所得の見込み：売却益がどのくらいになりそうか
• 住宅ローンの条件：新居の借入額、控除の限度額、控除の期間（最新は国税庁で確かめる）
• 所得の状況：住宅ローン控除は、条文上、合計所得金額が2,000万円以下の年が対象（第41条第1項）
• 売却先：居住用では、配偶者や一定の親族、同族会社など特別の関係にある人（会社）に売ると、3,000万円控除は受けられない
• 手続き：3,000万円控除は、確定申告が必要（住宅ローン控除の手続きは国税庁で確かめる）

3,000万円控除を使うための必要書類と手続きは？

居住用の3,000万円控除は、確定申告で使います。チェックシートでは「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）【土地・建物用】」の添付を案内しています。

契約締結日の前日の住民票の住所が売った居住用財産の所在地と異なる場合は、戸籍の附票の写しなども必要です。

相続した空き家の特例は、確定申告書に書類を添えて提出します。売り方によって必要書類が変わるため、国税庁タックスアンサーNo.3306で確認してください。

主な書類は次のとおりです。

• 譲渡所得の内訳書（土地・建物用）
• 登記事項証明書など（不動産番号の記載で添付を省ける場合あり）
• 市区町村長の「被相続人居住用家屋等確認書」
• 耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書の写し（売り方によって必要）
• 売買契約書の写しなど、売却代金が1億円以下と分かるもの

次に読む・相談する

空き家の特例の書類や期限は、次の記事でも整理しています。

• 空き家の3,000万円特別控除に必要な書類は？確定申告までの書類のそろえ方
• 被相続人居住用家屋等確認書とは？どこで・どう申請する？
• 空き家の3,000万円特別控除の確定申告、書き方と提出の順番は？
• 空き家を取り壊して売ると3,000万円特別控除は使える？
• 空き家の3,000万円特別控除の期限は？売る時期の決まり

税の適用は、税務署か税理士に確かめてください。空き家の確認書類の窓口は市区町村です。

当社は不動産の売買や仲介をしません。税金や法律の個別の判断もしません。

空き家を売ることについての相談は、空き家の売却のご相談で受け付けています。

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出典

• 国税庁 タックスアンサー No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例2026-11-14に確認
• 租税特別措置法（e-Gov法令検索）2026-11-14に確認
• 国土交通省 空き家の発生を抑制するための特例措置2026-11-14に確認
• 国税庁 熊本国税局 マイホームを売却した場合の特例（3000万円の特別控除）2026-11-14に確認
• 財務省 令和8年度税制改正の大綱2026-11-14に確認

譲渡所得の3,000万円控除と住宅ローン控除は一緒に使える？空き家の確認点のよくある質問

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